שני ספרים כתב ר' נתן נטע שפירא בקראקא , ושניהם נקראו בשם 'מגלה עמוקות . ' האחד כולל 'רנ"ב אופנים על פרשת ואתחנן , ' נדפס בדפוס . 668 השני , דרושים על התורה , נדפס בדפוס . 669 לעתים הזכיר רנ"נ שפירא את התאריכים שבהם דרש בציבור . נרשום ציונים אחדים : 'דרוש זה דרשתי פסח שפ"ג שחל בשבת בב"ה ישינה פה ק"ק קראקא 18 ; ' 'דרשה זו דרשתי יום אחרון של פסח שפ"ג , שנשרפו בתים רבים פה ק"ק קראקא לילה ראשונה של ח"ה יותר מג"ן בתים של אבנים ; ' 'בער"ח שבט שפ"ו דרשתי פה ק"ק קראקא בבה"כ ישינה . ' 15 הקדמה לשבר יוסף , תעלומות חכמה , דפוס , 666 דף נט ע"ב . 16 נובלות חכמה , דפוס , 667 דף קעד ע"ב . 17 תולדות חייו ייכתבו בקערה להלן רשימת אישים , נספח א , ערך נא . 18 מגלה עמוקות , דרושים על התורה , חלק שני , דפוס , 669 דף ע ע"ב . 19 שם , חלק שני , שם , דף טו ע"א . 20 שם , חלק ראשון , שם , דף פ ע"ג . שני ספריו של ר' נתז נטע שפירא גדושים במובאות מכתבי האר"י . החיבור השגור על פיו הוא ספר כנפי יונה בעריכת הרמ"ע מפאנו , שאותו הוא מזכיר עשרות פעמים . עוד הוא מצטט ספרים אלה : התחלת חכמה , ספר הבריאה ( הוא החלק השני של ה...
אל הספר